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docker,生信人的福音!
2020-05-09 11:51:23

docker的原理是什么?我也不知道呀!!!

我只是知道这个东西比虚拟机,conda什么的都要好用。

为什么?

因为它解决了一个对我们这些生信小白和编程小白来说致命的问题,那就是软件安装的问题(软件间的不兼容或者缺少必要的插件等等)。当你下载一个软件准备大干一场时,发现安装时出现一堆天书一般的报错代码,是不是想si,哈哈。

其次,有了它,你在window上再也不用安装虚拟机(其实他就是相当于安装了一个虚拟机,但是功能更加强大),同时它的启动也是快的飞起。

说了这么多怎么下载呢?直接去官网即可(hub.docker.com/),值得注意的是docker有两个版本,docker desktop和docker toolbox。现在大多数使用的都是desktop版本的,toolbox是相对古老的版本。但是如果你的电脑系统是window家庭版的安装desktop就很费劲(以前是不能安装的,但现在网上有些人说可以安装,具体我也没试过不清楚)。

docker官网首页


docker使用:

我自己电脑是mac所以安装比较方便,window安装好还需要调整一些设置,比如Hyper-V和CPU虚拟化,这里不赘述,自己百度吧。

在官网查找自己感兴趣的镜像(其实你不必纠结镜像到底什么,说实话我也不知道是什么),总之你就只需要按照自己的需求来搜索镜像,比如这里我们想做RNA-seq,就直接搜索rna-seq,就可以看到很多镜像下载就可以了。一般好点的镜像都会说明有哪些软件。同时可以在终端内查找镜像下载,不过都要利用同样的命令行。

docker镜像下载


基本命令,

查看本地镜像:

docker images


搜索镜像:xxx想查找的镜像

docker search  xxx


下载镜像:xxx同上

docker pull xxx


运行镜像:
container是一个运行images的基础,在你使用下面命令电脑会自动生产一个container。
一定注意这个命令,否则无法访问自己的本地文件呀!

docker run -it --rm -v $PWD:/xxx  xxxxx:latest
# -i
# -t
# --rm 运行完镜像后删除container,感兴趣可以了解一下container
# -v 共享本地文件  $PWD:共享文件的位置     /xxx 随便写,就是个存放共享文件的临时文件名而已
#:latest 可以不加,问题不大

开启镜像centos


删除镜像:

docker rmi -f xxx
#xxx 想删除的镜像
# -f 强制删除


列出当前运行的容器:

docker ps
# -a 列出所有的容器
# -f 列出近一次启动的容器


综上所述,docker真的是比较好的一个软件,为我们生信人解决了不少烦心事,而且可以同时开始多个images相当于同时开多个虚拟机但不会卡。

次发生信的文章,内心忐忑,毕竟知乎上面大神太多,哈哈。如果对文章有疑问欢迎留言,要是文章有错误还请大家批评指正。

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Docker 专区
创建时间:2020-05-08 10:53:18
Docker 是一个开源的应用容器引擎,让开发者可以打包他们的应用以及依赖包到一个可移植的镜像中,然后发布到任何流行的 Linux或Windows 机器上,也可以实现虚拟化。容器是完全使用沙箱机制,相互之间不会有任何接口。
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